docking что это такое

Docking что это такое

Сегодня мы поговорим о видах докинга, методах догинга, программах для докинга, проблемах докинга и сферах его применения.

Выделяют два основные метода докинга :

1. Ж ёсткий докинг (rigid docking)

2. Гибкий докинг (flexible docking)

Метод жесткого докинга не учитывает конформационную подвижность как для рецептора, так и для лиганда. Таким образом, задача докинга сводится при использовании этих методов к нахождению оптимальной ориентации лиганда (в конкретной конформации) в сайте связывания рецептора. Поскольку этот метод наиболее прост с вычислительной точки зрения, он сформировался раньше всех. Но, как правило, исследование конформационно подвижных лигандов, таких как, например, ГАМК, этим методом достаточно затруднительно. Фактически жёсткий докинг можно свести к оценке энергии данного конкретного комплекса.

Гибкий докинг учитывает конформационную подвижность лиганда, но не учитывает конформационную подвижность молекулы рецептора. Подавляющее большинство современных программ докинга работают, основываясь именно на этом принципе. По сути своей гибкий докинг может быть сведён к автоматическому перебору конформаций и ориентаций лиганда в сайте связывания и оценке энергии взаимодействия.

Конформационная подвижность основной цепи белка и другие процессы, происходящие при связывании лиганда, на сегодняшний день могут быть подробно исследованы только методами молекулярной динамики.

Программы для докинга

Особенности алгоритма :
Использован генетический алгоритм поиска оптимальной конформации. Отсутствует поддержка виртуального скрининга, различных оценочных функций, параллельных вычислений. В версии AutoDock 4 учитывается подвижность молекулы рецептора

AutoDock – самая популярная из всех программ докинга. Чаще всего AutoDock используют для исследования поверхности рецептора с целью выявления потенциального сайта связывания (если он неизвестен). Скорость работы позволяет за разумное время исследовать всю поверхность рецептора, что невозможно с помощью, например, Dock (впрочем, здесь определённую роль играют также некоторые внутренние ограничения Dock, связанные с используемыми языками программирования).

Особенности алгоритма: использование полярных корреляций Фурье (polar Fourier correlations) для ускорения вычислений; графический интерфейс.
Область применения : белок-белковый докинг.

FlexX— быстрая и гибкая программа для предсказания белок-лигандных взаимодействий и высокопроизводительного виртуального скрининга.

Некоторые роблемы, которые могут возникнуть при работе с программами докинга

В результате работы программ докинга мы получаем набор конформаций лиганда (лигандов), оптимально расположенных в сайте связывания рецептора. Степень достоверности этих результатов и сложность выбора правильного решения полностью зависят от используемой структуры мишени и использованного метода.

1. Достоверность структуры сайта связывания.

Источник

docking

Смотреть что такое «docking» в других словарях:

Docking — may refer to: for ships, the use of a Dock, e.g. mooring or drydocking. Spacecraft docking, the process of joining one spacecraft or space station module to another. Docking (animal), the practice of trimming the tail of an animal. Docking (dog) … Wikipedia

Docking — steht für: Docking (Chemie), eine Methode, um die Konformation eines Komplexes zweier molekularer Bindungspartner zu bestimmen Eine Kopplung zwischen Raumschiffen Docking ist der Nachname folgender Personen: George Docking (1904–1964), US… … Deutsch Wikipedia

docking — n. 1. (Naut.) a act of securing an arriving vessel with ropes or anchors. Syn: mooring, tying up, dropping anchor. [WordNet 1.5] 2. (Astronautics) the coming together and joining of two space vehicles. The joining usually is accomplished by… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — /ˈdɔkin(g), ingl. ˈdHkɪŋ/ [vc. ingl., da to dock «attraccare», da dock «bacino»] s. m. inv. (di veicoli spaziali) aggancio in volo, aggancio … Sinonimi e Contrari. Terza edizione

Docking — Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, ↑ docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes. * * * Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, 2↑docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes … Universal-Lexikon

docking — Synonyms and related words: Earth insertion, LEM, LM, apogee, attitude control rocket, ballistic capsule, burn, capsule, debarkation, deep space ship, disembarkation, disembarkment, docking maneuver, dropping anchor, ferry rocket, fuel ship,… … Moby Thesaurus

Docking — Dock Dock, v. t. [imp. & p. p. ; p. pr. & vb. n. .] [See a tail. Cf. W. tociaw, and twciaw, to dock, clip.] 1. to cut off, as the end of a thing; to curtail; to cut short; to clip; as, to dock the tail of a horse. [1913… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — adj. Docking is used with these nouns: ↑bay … Collocations dictionary

Docking — Do|cking das; s, s <aus gleichbed. engl. docking> Ankoppelung eines Raumfahrzeugs an ein anderes (z. B. einer Versorgungsrakete an die Raumstation) … Das große Fremdwörterbuch

docking — Adv. Extremely. E.g. It was a docking big car, the size of a bus, and certainly not suitable for town driving … English slang and colloquialisms

docking — lango pritvirtinimas statusas T sritis informatika apibrėžtis ↑Lango padėties, kai vienas langas įterpiamas tarp kitų taip, kad būtų matomi visi langai, nustatymas. Pritvirtinto lango vietos ekrane keisti negalima, leidžiama keisti tik lango dydį … Enciklopedinis kompiuterijos žodynas

Источник

docking

Полезное

Смотреть что такое «docking» в других словарях:

Docking — may refer to: for ships, the use of a Dock, e.g. mooring or drydocking. Spacecraft docking, the process of joining one spacecraft or space station module to another. Docking (animal), the practice of trimming the tail of an animal. Docking (dog) … Wikipedia

Docking — steht für: Docking (Chemie), eine Methode, um die Konformation eines Komplexes zweier molekularer Bindungspartner zu bestimmen Eine Kopplung zwischen Raumschiffen Docking ist der Nachname folgender Personen: George Docking (1904–1964), US… … Deutsch Wikipedia

docking — n. 1. (Naut.) a act of securing an arriving vessel with ropes or anchors. Syn: mooring, tying up, dropping anchor. [WordNet 1.5] 2. (Astronautics) the coming together and joining of two space vehicles. The joining usually is accomplished by… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — /ˈdɔkin(g), ingl. ˈdHkɪŋ/ [vc. ingl., da to dock «attraccare», da dock «bacino»] s. m. inv. (di veicoli spaziali) aggancio in volo, aggancio … Sinonimi e Contrari. Terza edizione

Docking — Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, ↑ docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes. * * * Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, 2↑docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes … Universal-Lexikon

docking — Synonyms and related words: Earth insertion, LEM, LM, apogee, attitude control rocket, ballistic capsule, burn, capsule, debarkation, deep space ship, disembarkation, disembarkment, docking maneuver, dropping anchor, ferry rocket, fuel ship,… … Moby Thesaurus

Docking — Dock Dock, v. t. [imp. & p. p. ; p. pr. & vb. n. .] [See a tail. Cf. W. tociaw, and twciaw, to dock, clip.] 1. to cut off, as the end of a thing; to curtail; to cut short; to clip; as, to dock the tail of a horse. [1913… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — adj. Docking is used with these nouns: ↑bay … Collocations dictionary

Docking — Do|cking das; s, s <aus gleichbed. engl. docking> Ankoppelung eines Raumfahrzeugs an ein anderes (z. B. einer Versorgungsrakete an die Raumstation) … Das große Fremdwörterbuch

docking — Adv. Extremely. E.g. It was a docking big car, the size of a bus, and certainly not suitable for town driving … English slang and colloquialisms

docking — lango pritvirtinimas statusas T sritis informatika apibrėžtis ↑Lango padėties, kai vienas langas įterpiamas tarp kitų taip, kad būtų matomi visi langai, nustatymas. Pritvirtinto lango vietos ekrane keisti negalima, leidžiama keisti tik lango dydį … Enciklopedinis kompiuterijos žodynas

Источник

docking

1 docking

2 docking

nose-to-nose docking — стыковка носами, носовая стыковка

3 docking

4 docking

5 docking

docking with — стыкующийся с; стыковка с

6 docking

7 docking

8 docking

9 docking

10 docking

11 docking

12 docking

13 docking

14 docking

15 docking

16 docking

nose-to-nose docking — стыковка носами, носовая стыковка

17 docking

18 docking

Тематики

19 docking

20 docking

См. также в других словарях:

Docking — may refer to: for ships, the use of a Dock, e.g. mooring or drydocking. Spacecraft docking, the process of joining one spacecraft or space station module to another. Docking (animal), the practice of trimming the tail of an animal. Docking (dog) … Wikipedia

Docking — steht für: Docking (Chemie), eine Methode, um die Konformation eines Komplexes zweier molekularer Bindungspartner zu bestimmen Eine Kopplung zwischen Raumschiffen Docking ist der Nachname folgender Personen: George Docking (1904–1964), US… … Deutsch Wikipedia

docking — n. 1. (Naut.) a act of securing an arriving vessel with ropes or anchors. Syn: mooring, tying up, dropping anchor. [WordNet 1.5] 2. (Astronautics) the coming together and joining of two space vehicles. The joining usually is accomplished by… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — /ˈdɔkin(g), ingl. ˈdHkɪŋ/ [vc. ingl., da to dock «attraccare», da dock «bacino»] s. m. inv. (di veicoli spaziali) aggancio in volo, aggancio … Sinonimi e Contrari. Terza edizione

Docking — Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, ↑ docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes. * * * Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, 2↑docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes … Universal-Lexikon

docking — Synonyms and related words: Earth insertion, LEM, LM, apogee, attitude control rocket, ballistic capsule, burn, capsule, debarkation, deep space ship, disembarkation, disembarkment, docking maneuver, dropping anchor, ferry rocket, fuel ship,… … Moby Thesaurus

Docking — Dock Dock, v. t. [imp. & p. p. ; p. pr. & vb. n. .] [See a tail. Cf. W. tociaw, and twciaw, to dock, clip.] 1. to cut off, as the end of a thing; to curtail; to cut short; to clip; as, to dock the tail of a horse. [1913… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — adj. Docking is used with these nouns: ↑bay … Collocations dictionary

Docking — Do|cking das; s, s <aus gleichbed. engl. docking> Ankoppelung eines Raumfahrzeugs an ein anderes (z. B. einer Versorgungsrakete an die Raumstation) … Das große Fremdwörterbuch

docking — Adv. Extremely. E.g. It was a docking big car, the size of a bus, and certainly not suitable for town driving … English slang and colloquialisms

docking — lango pritvirtinimas statusas T sritis informatika apibrėžtis ↑Lango padėties, kai vienas langas įterpiamas tarp kitų taip, kad būtų matomi visi langai, nustatymas. Pritvirtinto lango vietos ekrane keisti negalima, leidžiama keisti tik lango dydį … Enciklopedinis kompiuterijos žodynas

Источник

docking

Смотреть что такое «docking» в других словарях:

Docking — may refer to: for ships, the use of a Dock, e.g. mooring or drydocking. Spacecraft docking, the process of joining one spacecraft or space station module to another. Docking (animal), the practice of trimming the tail of an animal. Docking (dog) … Wikipedia

Docking — steht für: Docking (Chemie), eine Methode, um die Konformation eines Komplexes zweier molekularer Bindungspartner zu bestimmen Eine Kopplung zwischen Raumschiffen Docking ist der Nachname folgender Personen: George Docking (1904–1964), US… … Deutsch Wikipedia

docking — n. 1. (Naut.) a act of securing an arriving vessel with ropes or anchors. Syn: mooring, tying up, dropping anchor. [WordNet 1.5] 2. (Astronautics) the coming together and joining of two space vehicles. The joining usually is accomplished by… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — /ˈdɔkin(g), ingl. ˈdHkɪŋ/ [vc. ingl., da to dock «attraccare», da dock «bacino»] s. m. inv. (di veicoli spaziali) aggancio in volo, aggancio … Sinonimi e Contrari. Terza edizione

Docking — Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, ↑ docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes. * * * Dọ|cking, das; s, s [engl. docking, zu: to dock, 2↑docken (2)]: Ankoppelung eines Raumfahrzeuges an ein anderes … Universal-Lexikon

docking — Synonyms and related words: Earth insertion, LEM, LM, apogee, attitude control rocket, ballistic capsule, burn, capsule, debarkation, deep space ship, disembarkation, disembarkment, docking maneuver, dropping anchor, ferry rocket, fuel ship,… … Moby Thesaurus

Docking — Dock Dock, v. t. [imp. & p. p. ; p. pr. & vb. n. .] [See a tail. Cf. W. tociaw, and twciaw, to dock, clip.] 1. to cut off, as the end of a thing; to curtail; to cut short; to clip; as, to dock the tail of a horse. [1913… … The Collaborative International Dictionary of English

docking — adj. Docking is used with these nouns: ↑bay … Collocations dictionary

Docking — Do|cking das; s, s <aus gleichbed. engl. docking> Ankoppelung eines Raumfahrzeugs an ein anderes (z. B. einer Versorgungsrakete an die Raumstation) … Das große Fremdwörterbuch

docking — Adv. Extremely. E.g. It was a docking big car, the size of a bus, and certainly not suitable for town driving … English slang and colloquialisms

docking — lango pritvirtinimas statusas T sritis informatika apibrėžtis ↑Lango padėties, kai vienas langas įterpiamas tarp kitų taip, kad būtų matomi visi langai, nustatymas. Pritvirtinto lango vietos ekrane keisti negalima, leidžiama keisti tik lango dydį … Enciklopedinis kompiuterijos žodynas

Источник